4 декабря 1951 г. бюро Ростовского Обкома ВКП (б) обвинило группу старейших еврейских врачей-профессоров Ростовского медицинского института – А. С. Воронова, Д. И. Зимонта, И. Я. Серебрийского, П. И. Эмдина и других в защите «псевдонаучных идеалистических измышлений» профессора-физиолога НА. Рожанского, ученика физиолога академика И. П. Павлова. Большинство упомянутых профессоров в будущем стали фигурантами дела еврейских врачей в Ростове-на-Дону.
В период с 27 января – 11 февраля 1953 г. были арестованы видные профессора Ростовского медицинского института: терапевт, заведующий кафедрой госпитальной терапии Абрам Соломонович Воронов; педиатр, заведующий кафедрой детских болезней Иосиф Яковлевич Серебрийский; нейрохирург, заведующий кафедрой неврологии и нейрохирургии Павел Иосифович Эмдин. Их обвиняли в том, что они являются еврейскими буржуазными националистами, клеветавшими на политику КПСС и советского правительства (ст. 58-57, 58-10, ч. 2 и 58- 11 УК РСФСР). И. Я. Серебрийскому предъявили сфабрикованное обвинение в преступных экспериментах над детьми.
После появления сообщения о прекращении московского «дела врачей» с запозданием прекратили расследование по аналогичному делу и в Ростове-на-Дону. В начале апреля 1953 г. следствие по делам А. С. Воронова, П. И. Эмдина было прервано из-за их болезненного состояния и помещения их в больницу. Первыми освободили 30 апреля П. И. Эмдина и А. С. Воронова. 4 мая был освобождён за недоказанностью обвинений И. Я. Серебрийский. Последним был освобождён 6 июня 1953 г. А. С. Бродский, которого долго лечили (с 3 апреля по 29 мая) в тюремной психиатрической больнице от мучивших его слуховых галлюцинаций.
В период сталинизма И. Я. Серебрийский незаконно подвергся репрессиям. В XX–XXI вв. дело профессора продолжили его ученики – доктора медицинских наук, работающие в различных вузах страны:
• Игнатов Сергей Илларионович. С 1966 г. – руководитель кафедры детских болезней Ленинградского санитарно-гигиенического медицинского института. Автор более 200 научных работ, 2 монографий; подготовил 4 докторов наук и 2 2 кандидата медицинских наук.
• Филимонов Юрий Александрович. В 1963 г. защитил кандидатскую диссертацию на тему «Диагностические фагоцитарные реакции крови при колиэнтеритах» (руководители – проф. И. Я. Серебрийский и доцент Б. Г. Апостолов). В последующем проректор по научной части Ставропольского медицинского института. Доцент.
• Евдотьева Мария Яковлевна – д. м. н., профессор, зав. кафедрой детских болезней № 3 педиатрического факультета Рост ГМУ.
• Шовкун Анатолий Григорьевич – д. м. н, профессор, зав. кафедрой детских инфекционных болезней РГМИ (РОДНМИ).
• Бойко Алла Николаевна – дм. н, профессор, зав. кафедрой детских болезней № 2 РГМИ.
• Трофименко Игорь Александрович – д. м. н, профессор, зав. кафедрой детских болезней № 1 РГМИ.
• Чернышов Виктор Николаевич – профессор, зав. кафедрой детских болезней № 2 РГМУ, ректор РостГМУ (1986 – 2009).
В период репрессий и «Дела врачей» И. Я. Серебрийский незаслуженно находился в тюрьме. Однако его ученик А. Г. Шовкун не отказался от него, не оставил своего Учителя! В 1954 г. А. Г. Шовкун, успешно защитив кандидатскую диссертацию «Определение фагоцитарных свойств крови, как метод ранней диагностики коклюша», указал фамилию своего научного руководителя – профессора И. Я. Серебрийского.