В философии интеграция рассматривается в диалектическом единстве с дифференциацией. В процессе взаимодействия разнородных элементов рано или поздно появляются процессы, противоречащие тенденции интеграции. При определенных обстоятельствах дезинтеграция приобретает перевес и прерывает интеграционный процесс. На протяжении всей истории человечества всегда существовал дисбаланс обеих тенденций. Проявление соотношения данных процессов объясняет развитие любой системы, поскольку оно обусловлено дифференциацией целого выделением в нем дополнительных функций и объединением в новое целое.
Одним из факторов дезинтеграции являются межорганизационные отношения, которые постоянно находятся в развитии и имеют тенденцию отклоняться то в сторону синергии, то в сторону конфликтов. Управление цепями поставок всегда будет оставаться управлением компромиссов, нахождением баланса интересов компаний-партнеров. Следовательно, логистическая интеграция ограничена экономическими реалиями, которые в данном случае выступают как дезинтеграционные процессы.