Cуперкомпьютеры: администрирование

Для увеличения мощности сервера или рабочей станции производители устанавливали несколько «одноядерных» процессоров (обычно от двух до восьми). Такие системы существуют и сейчас и называются симметричными многопроцессорными системами, или SMP-системами (от англ. Symmetric Multiprocessor System) (см. рис. 4).

Рис. 4: симметричная многопроцессорная система (SMP)

Как видно из схемы, каждый процессор, представляющий собой одно вычислительное ядро, соединён с общей системной шиной. В такой конфигурации доступ к памяти для всех процессоров одинаков, поэтому система называется симметричной. В последнее время в каждом процессоре присутствует несколько ядер (обычно от 2 до 16). Каждое из таких ядер может рассматриваться как процессор в специфической SMP-системе. Конечно, многоядерная система отличается от SMP-системы, но эти отличия почти незаметны для пользователя (до тех пор, пока он не задумается о тонкой оптимизации программы).

Для ускорения работы с памятью нередко применяется технология NUMA – Non-Uniform Memory Access. В этом случае каждый процессор имеет свой канал в память, при этом к части памяти он подсоединён напрямую, а к остальным – через общую шину. Теперь доступ к «своей» памяти будет быстрым, а к «чужой» – более медленным. При грамотном использовании такой архитектуры в приложении можно получить существенное ускорение.

Рис. 5: схема узла NUMA на примере AMD Magny-Cours

Например, в архитектуре AMD Magny-Cours (см. рис. 5) каждый процессор состоит из двух кристаллов (логических процессоров), соединённых между собой каналами HyperTransport. Каждый кристалл (чип) содержит в себе шесть вычислительных ядер и свой собственный двухканальный контроллер памяти. Доступ в «свою» память идёт через контроллер памяти, а в «соседнюю» – через канал HyperTransport. Как видим, построить SMP- или NUMA-систему из двух или четырёх процессоров вполне возможно, а вот с большим числом процессоров – уже непросто.

Ещё одним «камнем преткновения» в современных многоядерных системах является миграция процессов между ядрами. В общем случае для организации работы множества процессов операционная система предоставляет каждому процессу определённый период времени (обычно порядка миллисекунд), после чего процесс переводится в пассивный режим.

Планировщик выполнения заданий, переводя процесс из пассивного режима, выбирает ядро, которое не обязательно совпадает с тем, на котором процесс выполнялся до этого. Нередко получается так, что процесс «гуляет» по всем ядрам, имеющимся в системе. Даже в случае с SMP-системами влияние на скорость работы программы при такой миграции заметно, а в NUMA-системах это приводит ещё и к большим задержкам при доступе в память.

Для того, чтобы избавиться от паразитного влияния миграции процессов между ядрами, используется привязка процессов к ядрам (processor affinity, или pinning). Привязка может осуществляться как к отдельному ядру, так и к нескольким ядрам или даже к одному и более NUMA-узлам. С применением привязки миграция процессов или будет происходить контролируемым образом, или будет исключена вовсе.

Аналогичная проблема присутствует и в механизме выделения памяти пользовательским процессам. Допустим, процессу, работающему на одном NUMA-узле, требуется для работы выделить дополнительную память. В какой области памяти будет выделен новый блок? А вдруг он попадёт на достаточно удалённый NUMA-узел, что резко уменьшит скорость обмена? Для того, чтобы избежать выделения памяти на сторонних узлах, есть механизм привязки процессов к памяти определённого NUMA-узла (memory affinity).

В нормальном случае каждый процесс параллельной программы привязывается к определённым NUMA-узлам как по ядрам, так и по памяти. В этом случае скорость работы параллельной программы не будет зависеть от запуска и будет достаточно стабильной. При запуске параллельных программ такая привязка не просто желательна, а обязательна. Более подробно данный вопрос рассмотрен в главе «Библиотеки поддержки параллельных вычислений (#litres_trial_promo)», где описываются различные среды параллельного программирования.

В большинстве современных процессоров компании Intel используется технология HyperThreading. Благодаря этой технологии каждое вычислительное ядро представлено в системе как два отдельных ядра. Конечно, эффективность использования аппаратных ресурсов в этом случае сильно зависит от того, как написана программа и с использованием каких библиотек и каким компилятором она собрана. В большинстве случаев параллельные вычислительные программы написаны достаточно эффективно, поэтому ускорения от использования технологии HyperThreading может не быть, и даже наоборот, будет наблюдаться замедление от её использования.

На суперкомпьютерах эта технология вообще может быть отключена в BIOS каждого узла, чтобы не вносить дополнительных трудностей в работу параллельных программ. Как правило, эта технология не приносит ускорения для вычислительных программ. Если вы используете небольшой набор программ на суперкомпьютере, проверьте их работу с включённым и отключённым HyperThreading и выберите лучший вариант. Обычно мы рекомендуем включить её, но при этом указать системе управления заданиями число ядер, как с отключённым HT. Это позволяет получить дополнительные ресурсы для системных сервисов, минимально влияя на работу вычислительных заданий.

Ещё одна особенность архитектуры касается уже не отдельного, а нескольких узлов. Как мы ранее указывали, вычислительные узлы в вычислительном кластере объединены высокоскоростной коммуникационной сетью. Такая сеть может предоставлять дополнительные возможности обмена данными между процессами параллельных программ, запущенных на нескольких вычислительных узлах. В рамках одного узла применяется технология прямого доступа в память (Direct Memory Access, или DMA), позволяющая устройствам узла связываться с оперативной памятью без участия процессора. Например, обмен данными с жёстким диском или с сетевым адаптером может быть организован с использованием технологии DMA.

Адаптер InfiniBand, используя технологию DMA, предоставляет возможность обращаться в память удалённого узла без участия процессора на удалённом узле (технология Remote Direct Memory Access, или RDMA). В этом случае возникнет необходимость синхронизации кэшей процессоров (данный аспект мы не будем рассматривать подробно). Применение технологии RDMA позволяет решить некоторые проблемы масштабируемости и эффективности использования ресурсов.

Существует достаточно серьёзная критика данной технологии. Считается, что модель двухстороннего приёма-передачи (two-sided Send/Receive model), применяемая в суперкомпьютерах компании Cray (коммуникационная сеть SeaStar) и в коммуникационных сетях Quadrics QsNet, Qlogic InfiniPath и Myrinet Express, более эффективна при использовании параллельной среды программирования MPI. Конечно, это не исключает эффективного использования технологии RDMA, но применение её ограничено. В большинстве практических приложений использование RDMA даёт снижение латентности, но на больших приложениях (сотни узлов) может вылиться в чрезмерное использование системной памяти.

Краткое резюме

Знание аппаратуры, основных принципов работы ваших сетей, хранилищ данных и прочих «железных» компонент очень важно для администратора суперкомпьютера. Без этих знаний часто бывает невозможно решить проблемы, возникающие в таких вычислительных комплексах.

Ключевые слова для поиска

rdma, hpc interconnect, numa, smp, cache, latency.

Глава 3. Как работает суперкомпьютер

Рассмотрим стек ПО, который необходим для обеспечения работы суперкомпьютера. Очевидно, что в первую очередь это операционная система, затем системное ПО, которое требуется для работы аппаратной части, – драйверы и т. п., а также ПО для файловой системы.

Следующая часть – набор ПО для организации загрузки и ПО для удалённого доступа. Далее – система контроля запуска заданий (система очередей, batch system). Потом следует ПО, необходимое для работы параллельных программ: готовые параллельные пакты и библиотеки – MPI, Cuda и т. п.

Обязательный компонент – компиляторы и дополнительные библиотеки, часто требующиеся для вычислительных программ, такие как BLAS, FFT и др. Для организации полноценного управления суперкомпьютером также потребуются ПО для организации резервного копирования, мониторинга, ведения статистики, визуализации состояния суперкомпьютера.

Как происходит типичный сеанс пользователя

Существует множество вариантов организации работы с конкретными вычислительными пакетами, которые предоставляют собственный интерфейс для работы с суперкомпьютером. Мы будем рассматривать «общий» вариант.

Итак, пользователь работает на своём компьютере – рабочей станции, ноутбуке, планшете и т. п. Для начала сеанса он запускает ssh-клиент (putty, openssh и т. п.), вводит адрес, логин, указывает пароль или файл с закрытым ключом (или загружает профиль, где всё это уже указано) и открывает соединение с суперкомпьютером. Попав на узел доступа, пользователь может отредактировать и откомпилировать собственную параллельную программу, скопировать по протоколу sftp входные данные. Для запуска программы пользователь выполняет специальную команду, которая ставит его задание в очередь. В команде он указывает число требуемых процессов, возможно, число узлов и другие предпочтения, а также свою программу и её аргументы. Пользователь может проверить статус своего задания, посмотреть список заданий в очереди. Если он понял, что в программе ошибка, то может снять её со счёта или удалить из очереди, если она ещё не запустилась.

При необходимости можно поставить в очередь и несколько заданий (например, если нужно обработать несколько наборов входных данных). После того как задание поставлено в очередь, его ввод/вывод будет перенаправлен в файлы, поэтому можно спокойно завершить сеанс и проверить состояние задания или посмотреть/скачать результаты позже, в другом сеансе. Большинство систем управления заданиями позволяют запустить задание и интерактивно, связав её ввод/вывод с терминалом пользователя. В этом случае придётся оставлять сеанс открытым до тех пор, пока задание стоит в очереди и работает.

Вся работа происходит в командной строке, поэтому пользователь должен знать минимальный набор команд Linux (как правило, это не составляет проблем). Элементарного самоучителя Linux или даже странички на сайте с описанием нужных команд обычно бывает достаточно. Для управления файлами многие пользователи применяют программу Midnight Commander (mc), которая ещё больше упрощает задачу.

Жизненный цикл задания

Типичное задание на суперкомпьютере проходит несколько фаз. Первая – постановка задания в очередь. На этом этапе пользователь указывает путь к исполняемой программе, её аргументы и параметры запуска, такие как число MPI-процессов, число узлов, требования к ним и т. д. Явно или неявно пользователь указывает также способ запуска задания – через команду mpirun (для MPI-приложений), как обычное приложение и т. д.

Система управления заданиями регулярно проверяет, можно ли запустить новую задание, просматривая очередь. Как только наше задание подойдёт к началу очереди или по каким-то иным критериям подойдёт для запуска, система управления (точнее, её планировщик) выберет набор узлов, на которых будет произведён запуск, оповестит их, возможно, выполнит скрипт инициализации (так называемый пролог) и приступит к запуску задания.

Фаза запуска может отличаться в разных системах, но общий смысл одинаков: на вычислительном или управляющем узле запускается стартовый процесс, например mpirun, которому передаётся список узлов и другие параметры. Этот процесс запускает на вычислительных узлах рабочие процессы задания – самостоятельно (через ssh) или используя помощь системы управления заданиями. С этого момента система управления заданиями считает, что задание работает. Она может отслеживать состояние рабочих процессов на узлах, если это поддерживается, или отслеживать только состояние стартового процесса. Как только стартовый процесс завершается либо задание снимается со счёта принудительно (пользователем или самой системой управления), задание переходит в фазу завершения.

В этой фазе система управления пытается корректно завершить работу задания – убедиться, что все её процессы завершились, не осталось лишних файлов во временных каталогах и т. п. Для этого часто используется отдельный скрипт, так называемый эпилог. По окончании фазы завершения задание считается завершённым. Какое-то время информация о ней может сохраняться в системе управления, но обычно данные о ней теперь можно найти только в журналах.

В описанном цикле могут быть и нестандартные действия, например изменение приоритета задания, меняющее скорость его прохождения в очереди, блокировка, временно запрещающая запуск задания, приостановка работы и некоторые другие.

Что скрыто от пользователя

Всё, что мы описали выше, – это то, что видно рядовому пользователю. Однако есть и то, что остаётся для него «за кадром», но играет важную роль для администратора. Это те сервисы, которые обеспечивают корректную работу суперкомпьютера: управление учётными записями, распределённой файловой системой, квотами, сервисы удалённого мониторинга узлов, сбора статистики и журналирования, мониторинга оборудования и инфраструктуры, экстренного оповещения и отключения, резервного копирования. Все эти сервисы работают незаметно для пользователя, но их важность трудно переоценить.

Краткое резюме

Собрать простейший вычислительный кластер можно и «на коленке»: взять два ноутбука, подключить в общую сеть, настроить беспарольный доступ по ssh, на одном из них запустить NFS-сервер, а на другом примонтировать по NFS файловую систему, и – готово, можно запускать MPI-программы. Но производительность такого кластера весьма невелика, а при попытке подключить вместо двух ноутбуков двадцать возникают проблемы: сеть не справляется с нагрузкой, NFS тормозит, один ноутбук завис, и мы полчаса выясняем, что же случилось, и многое другое. Увы, если кластер не «игрушечный», а предназначен для реальных задач, то подходить к его построению и эксплуатации надо серьёзно. Мы кратко обозначили основные компоненты программного «стека» суперкомпьютера, далее попробуем рассмотреть их подробнее.

Ключевые слова

MPI, сеанс работы, ssh-клиент, NFS.

Глава 4. UNIX и Linux – основы

Если вы уже используете Linux и имеете неплохое представление о его администрировании, то смело пропустите эту главу. Если информация из неё будет для вас совсем новой, то для дальнейшего чтения желательно почитать дополнительную литературу, потренироваться в написании скриптов на bash.

В любом случае мы рекомендуем ознакомиться с книгами из списка ниже, в них есть масса информации, полезной даже опытным профессионалам:

Эви Немет, Гарт Снайдер, Трент Хейн, Бэн Уэйли

Unix и Linux: руководство системного администратора

Это классический учебник по Unix и Linux. В нём нередко случаются отсылки к таким древним системам, как VAX и PDP-11, тем не менее он отлично отражает суть работы UNIX и остаётся актуальным по сей день.

Томас Лимончелли, Кристина Хоган, Страта Чейлап

Системное и сетевое администрирование. Практическое руководство

Более новый учебник по Linux, содержит массу полезных примеров.