50 прелюдий и фуг, токкат и фуг, фантазий и фуг для органа (BWV 531 – 581). Следует оговориться, что некоторые номера в этом перечне, возможно, ошибочно приписываются Баху. Так, 8 коротких прелюдий и фуг (BWV 553 – 560) принадлежат, по мнению многих специалистов-баховедов, перу ученика Баха Иоганну Тобиасу Кребсу;
Пассакалья и фуга до минор (BWV 582). Величественнейшее произведение Баха, поражающее (даже на фоне всего другого органного творчества Мастера) своей глубиной и мощью. Известно множество переложений, в том числе для симфонического оркестра (например, Леопольдом Стоковским) и даже для ансамбля баянов;
Трио и прочие сочинения для органа (ария, канцона, пастораль и пр.) (BWV 583 – 591). И здесь мы встречаем ряд спорных творений (Бах, увы, не везде ставил свой автограф; кроме того, многие сочинения известны нам в копиях, сделанных руками сторонних людей). Так, Маленький гармонический лабиринт («Kleines harmonisches Labyrinth», BWV 591), возможно, принадлежит авторству Иоганна Давида Хайнихена;
8 концертов для органа (BWV 592 – 598). Из них 3 концерта представляют собой искусное переложение концертов герцога Иоганна Эрнста Саксен-Веймарского (BWV 592, 592a, 595), а еще 3 – переложение кончерто гроссо Антонио Вивальди (BWV 593, 594, 596). Интересен номер BWV 598 Pedalexercitium («Педальное упражнение», соль минор). Он представляет собой импровизацию ногами на органных педалях, был записан сыном Баха – Карлом Филиппом Эммануэлем, но в незавершенном виде.
Органная тетрадь (Das Orgel-B?chlein, BWV 599—644). В нее входит 48 хоральных прелюдий (орган соло), включая несколько версий. Все они приурочены к значимым религиозным праздникам;
Шюблеровские хоралы (BWV 645 – 650). Примечательно, что темы всех 6 хоральных прелюдий взяты Бахом из собственных кантат, т.е. являются органными переложениями. Названы по имени органиста и музыкального издателя Шюблера, ученика И.С.Баха;
Лейпцигские хоралы (BWV 651 – 668). Эти 18 хоральных прелюдий (с версиями и ранними веймарскими редакциями автора) названы в честь города, где и были сочинены Бахом или редактировались им уже незадолго до своей смерти. Часто исполняются многими прославленными органистами везде и всюду как самостоятельный цикл;
Немецкая органная месса (BWV 669 – 689). В ней собрана 21 хоральная прелюдия, обозначенные самим Бахом как канонические части мессы (Kyrie, Gloria, Credo и пр.), но имеющие заглавия на родном немецком (тексты из «Катехизиса» Мартина Лютера). Кроме того, туда входят 4 дуэта и Прелюдия и фуга ми бемоль мажор. Этот цикл составлял у Баха третий том сборника Clavir-Ubung («Клавирные упражнения»). Не лишне напомнить, что за скромным названием «Клавирных упражнений» на самом деле скрывается грандиозный цикл Баха, куда он включил 4 самостоятельных сборника. Первый том составляют клавирные Партиты, во второй входят Итальянский концерт и Французская увертюра для клавесина. Третий том – целиком органный, завершен Бахом в 1739 году. Название получила после смерти Баха; оно связано с тем, что многие части Немецкой мессы четко соотносятся с определенными разделами протестантского богослужения;
Кирнбергерские хоральные прелюдии (BWV 690 – 713). По мнению специалистов, три из этих прелюдий (BWV 692, 692а и 693) приписаны Баху ошибочно. Они принадлежат авторству Иоганна Готфрида Вальтера, друга И. С. Баха и его дальнего родственника по материнской линии. Названы в честь Иоганна Филиппа Кирнбергера, ученика Баха и его страстного почитателя. Под редакцией Кирнбергера в 1784—1787 гг. (через четверть века после смерти Баха) выходят в 4 томах собранные К. Ф. Э. Бахом хоралы Баха-отца. В одном из писем Кирнбергер писал: «По поводу хоралов Баха числом более 400, которые собрал К. Ф. Э. Бах, и многие из которых переписаны его собственной рукой, мне исключительно важно, чтобы эти хоралы, которые ныне находятся в моем распоряжении, сохранились для будущих музыкантов, композиторов и ценителей музыки»;
Иные хоральные прелюдии (BWV 714 – 764). Среди них 7 или 8 хоралов приписывались Баху ошибочно (авторы – К. Ф. Э. Бах, Георг Бём, И. К. Ф. Фишер, И.Г.Вальтер);
Партиты и хоральные вариации (BWV 765 – 771).
Произведения для клавира (клавесина). Для клавира Бах создал основные сочинения, будучи уже в зрелом возрасте. Это связано с тем, что большинство этих творений он сам рассматривал как «учебные», поскольку в это время осознавал себя как педагог и был окружен множеством учеников (включая подросших сыновей). Именно с целями музыкального образования создан, например, самый знаменитый баховский клавирный цикл – «Хорошо темперированный клавир» (ХТК, Das Wohltemperierte Clavier), который содержит 48 прелюдий и фуг (по 2 для каждой мажорной и минорной тональности).
16 Двухголосных инвенций (BWV 772 – 786);
15 Трехголосных инвенций (BWV 787 – 801);
4 дуэта из сборника Clavir-Ubung III (BWV 802 – 805);
6 Английских сюит (BWV 806 – 811);
7 Французских сюит (BWV 812 – 817);
9 иных сюит и увертюр (BWV 818 – 824);
6 клавирных партит из сборника Clavir-Ubung I (BWV 825 – 830);
Увертюра во французском стиле си минор (из сборника Clavir-Ubung II, BWV 831);
Части сюит (BWV 832 – 845);
24 Прелюдии и фуги 1 тома Хорошо темперированного клавира (BWV 846 – 869);
24 Прелюдии и фуги 2 тома ХТК (BWV 870 – 893);
6 Клавирных фантазий и фуг (BWV 903 – 908);
Хроматическая фантазия ре минор (BWV 903а, версия BWV 903);
9 Прелюдий и фуг (или фугетт) (BWV 894 – 902);
3 Прелюдии (BWV 902а, 921, 922);
5 Фантазий и фуг (или фугетт) (BWV 904 – 908);
4 Фантазии (BWV 917 – 920);
Концерт и фуга до минор (BWV 909);
7 Токкат (BWV 910 – 916);
10 Маленьких прелюдий из Нотной тетради Вильгельма Фридемана Баха (BWV 924 – 932);
6 Маленьких прелюдий (BWV 933 – 938);
5 Прелюдий из коллекции Иоганна Петера Келлнера (BWV 939 – 943);
20 Фуг и фугетт (BWV 944 – 962);
5 Сонат (BWV 963 – 967);
3 отдельных сонатных части (Адажио соль мажор, Анданте соль минор и Престо ре минор) (BWV 968 – 970);
Итальянский концерт фа мажор (из сборника Clavir-Ubung II, BWV 971);
Переложения концертов других композиторов (Телеманна, Вивальди, Марчелло, Торелли, графа Иоганна Эрнста Саксен-Веймарского) для клавира (BWV 972 – 987);
Гольдберг-вариации (ария с 30 вариациями, напечатанная в сборнике Clavir-Ubung IV, BWV 988);
Ария с 10 вариациями, в итальянском стиле, ля минор (BWV 989);
Сарабанда с партитой до мажор (адаптация увертюры к опере «Беллерофонт» Жана-Батиста Люлли (1679), BWV 990);
Ария с вариациями из Нотной тетради Анны Магдалены Бах, до минор, не завершена, BWV 991;
Каприччио на отъезд возлюбленного брата (BWV 992)
Каприччио ми мажор (BWV 993);
Аппликация до мажор (из Нотной тетради Вильгельма Фридемана Баха, BWV 994).
Произведения для лютни соло: 3 сюиты (BWV 995 – 997), Прелюдия, фуга и аллегро ми бемоль мажор (BWV 998), Прелюдия до минор (BWV 999), Фуга соль минор (BWV 1000).
Семь сонат и партит для скрипки соло (BWV 1001 – 1006).
Шесть сюит для виолончели соло (BWV 1007 – 1012).
Партита для флейты соло ля минор (BWV 1013).