Проспект вниз по Неве-реке между Зимним дворцом и Академией наук. Гравюра Качалова Г. А. и Виноградова Е. Г.; по рисунку Махаева М. И., 1753 г.
31 марта 1726 года Брюсу была выдана Жалованная грамота императрицы с перечислением всех его заслуг. После этого он подает прошение об отставке и получает ее 6 июля 1726 г. в возрасте 57 лет в чине генерал-фельдмаршала.
В последующем Яков Вилимович вел жизнь богатого пенсионера, увлекающегося наукой. 27 апреля 1727 году он купил за 4500 рублей серебром у князя А. Г. Долгорукова подмосковное имение Глинки, Богородского уезда, в 42 верстах от Москвы. С этого года он поселился в своем поместье Глинках и жил там до конца своей жизни, изредка наезжая в Москву и предаваясь исключительно научным занятиям.
Здесь Брюс разбил регулярный парк, выстроил дом с обсерваторией. Он сравнительно редко выезжал из имения, предпочитая заниматься любимыми науками. Брюс стремился подальше от Петербурга с его придворными интригами и поближе к Москве – месту, где он родился, где сохранялась Немецкая слобода, где было много близких ему людей по вере и духу. Во вторую столицу он время от времени наезжал, а вот первую покинул навсегда.
Отставной генерал-фельдмаршал увлекся медициной и оказывал помощь окрестным жителям, составляя лекарства из трав. Не доверяя докторам, Брюс также и себя лечил сам. Интересно, что до 1728 года действовал указ Петра I о запрете каменного строительства в связи с застройкой новой столицы. Поэтому изобретательный Брюс построил на берегу Вори кирпичный заводик и возводил усадьбу из собственного кирпича. Так был построен главный усадебный дом с примыкавшими к нему жилыми помещениями.
Теперь усадьба Брюса – это гастро-энтерологический корпус санатория «Монино». Расположен там и музей, посвященный знаменитому владельцу усадьбы. В 1991 году на средства Всероссийского Фонда Культуры Государственным Историческим музеем был создан общественный Дом-музей Я. В. Брюса, являющийся в настоящее время единственным в московском регионе музеем, представляющим эпоху Петра Великого, и единственным в России, рассказывающим о Я. В. Брюсе. Согласно исследованиям группы лозоискателей под руководством кандидата технических наук И. Е. Кольцова, проведенным в 1988–1989 годах, подземные ходы соединяют все здания усадьбы и выходят далеко за ее пределы. Самые будоражащие воображение истории, связанные с личностью Брюса, как раз и посвящены многочисленным подземным ходами, которые будто бы не только соединяют все здания усадьбы, но имеют выходы за несколько километров от неё. По слухам, в этих таинственных подземельях хранятся магические книги и сокровища Брюса.
Все это очень смахивает на историю с поисками библиотеки Ивана Грозного и системой подземных ходов, будто бы связывавших между собой еще в Средневековье все основные московские здания.
30 апреля 1728 года умерла жена Брюса Мария (Марфа) Мантейфель. До ее смерти Брюс часто принимал в усадьбе гостей. Живя в Глинках, Брюс в первые годы довольно часто навещал Москву, был тесно связан с целым рядом московских государственных учреждений и находящимися в это время в Москве учеными. Не исключена возможность, что Брюс виделся даже с М.В. Ломоносовым, можно сказать, своим наследником по научной части, хотя Михаил Васильевич о такой встрече никогда не упоминал.
Михаил Васильевич Ломоносов (1711–1765) – ученый-энциклопедист, химик, физик, астроном, приборостроитель, географ, металлург, геолог, поэт, филолог, художник, историк. Доподлинно неизвестно, встречались ли Ломоносов и Брюс в Москве, но, если у первого русского учёного-естествоиспытателя мирового значения и был предшественник, то это, безусловно, Яков Брюс
Всего о Брюсе, по оценке современных исследователей, насчитывается не менее 350 легенд – больше, чем о любом другом деятеле петровской эпохи, не исключая самого Петра Великого, и больше, наверное, чем о любом другом знаменитом жителе Москвы или Санкт-Петербурга. Во многих легендах Яков Брюс предстает в качестве колдуна и чернокнижника, знавшегося с дьяволом. О нем и сложилось представление как о личности мифической с ореолом колдовства. Это и не удивительно. Ведь тогда, в начале XVIII века, Яков Брюс был первым и единственным настоящим ученым на Руси, и его деятельность не могла не обрастать в народном воображении фантастическими, волшебными подробностями. Так когда-то произошло в Германии со вполне историческим доктором Фаустом, которого весь мир теперь знает только по поэме Гёте.