Муковисцидоз: определение, диагностические критерии, терапия. Национальный консенсус

Для корректной интерпретации результатов рекомендовано в направление для генетического тестирования включать оптимальное количество клинической информации. Цель исследования должна быть четко определена (например, подтверждение диагноза, установленного другими методами, дифференциальная диагностика нескольких заболеваний, тестирование носительства, пренатальное тестирование). Этническая принадлежность/национальность индивида, родословная, составленная генетиком, и другая дополнительная информация может быть указана при необходимости. Рекомендовано на каждого неродственного пациента заполнять отдельное заключение в целях сохранения конфиденциальности. Однако в случае рецессивных заболеваний, когда для пары имеется риск рождения больного ребенка, необходимо, чтобы оба индивида были обследованы одновременно. Если члены одной семьи обследуются одновременно, вопрос о заполнении индивидуальных или общих заключений зависит от заболевания, цели обращения и т.д.

Рекомендовано, чтобы заключение генетического обследования включало следующие разделы:

1. Административный

• Название (например: Результат молекулярно-генетического исследования CFTR-гена)

• Название лаборатории, выполняющей исследование и заполняющей заключение, и контакты

• Дата заполнения заключения

(Следует указать номера и общее число страниц, если заключение состоит из нескольких страниц (например, 1/3))

• Ф.И.О. и полный адрес врача, направившего пациента на исследование.

2. Идентификация обследуемого индивида и образца

• Фамилия, имя, отчество (полностью)

• Дата рождения (полностью)

• Пол

• Исследуемый материал (ДНК, выделенная из…, кровь с ЭДТА, биоптат…, культивированные амниоциты, клетки ворсин хориона и т.д.)

• Состояние образца (заморожен, гемолизирован и т.д.)

3. Цели исследования

Изложение цели исследования должно включать по крайней мере три аспекта:

• наименование заболевания или маркеры, которые были протестированы (например, муковисцидоз)

• тип тестирования (например, подтверждение диагноза, определение статуса носительства, пренатальная диагностика и т.д.)

• причина назначения тестирования (например, семейная история муковисцидоза)

4. Спецификация генетического тестирования

• названия использованных методов исследования

• список протестированных мутаций, ДНК-маркеров, при секвенировании – исследованные регионы гена, референсная последовательность

• если использован коммерческий набор, его название и версия

• чувствительность метода в популяции, из которой происходит обследуемый индивид, если это возможно

5. Результат

Результат должен быть ясно представлен в однозначной форме. Если проведено несколько исследований, каждый результат следует представлять отдельно. Не следует использовать термины «положительный» и «отрицательный», так как они могут быть истолкованы неоднозначно.

Для обозначения выявленных генетических вариантов следует использовать номенклатуру и референсную последовательность, рекомендуемую HGVS (Human Genome Variation Society). Поскольку номенклатура и рекомендуемая референсная последовательность со временем меняются, необходимо использовать также традиционные обозначения мутаций, в скобках указывая их.

Если выявлено более одного патогенного генетического варианта, следует указывать фазу сцепления (если она известна).

6. Интерпретация результата

Согласно рекомендациям Комитета по контролю качества ESHGQ [53], лабораторное заключение должно содержать информацию, которая позволила бы врачам-генетикам осуществить клиническую интерпретацию результата исследования с использованием литературных ресурсов (например, описан ли обнаруженный миссенс-вариант в базах данных, к какому классу относится, известно ли его клиническое значение; в случае необходимости можно рекомендовать проведение генеалогического/семейного исследования).

Литература

1. http://www.genet.sickkids.on.ca/cftr

2. Castellani C., Cuppens H., Macek M., Jr., et al. Consensus on the use and interpretation of cystic fibrosis mutation analysis in clinical practice. J. Cyst. Fibros. 2008 May; 7 (3): 179-196.

3. Pettit R.S. Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator–Modifying Medications. Ann Pharmacother. 2012 Jul-Aug; 46 (7-8): 1065-1075.

4. Zielenski, J. Genotype and phenotype in cystic fibrosis. Respiration. 2000; 67 (2): 117-133.

5. Mishra A., Greaves R., Massie J.. The relevance of sweat testing for the diagnosis of cystic fibrosis in the genomic era. Clin. Biochem. Rev. 2005 Nov; 26 (4): 135-153.

6. Pettit R.S., Fellner C. CFTR Modulators for the Treatment of Cystic Fibrosis. P&T®. 2014 Jul; 39 (7): 500-511.

7. Griesenbach U., Alton E.W. Recent advances in understanding and managing cystic fibrosis transmembrane conductance regulator dysfunction. F1000 Prime Rep. 2015 May 27; 7: 64. (http://f1000.com/prime/ reports/m/7/64).

8. Marson F.A., Bertuzzo C.S., Ribeiro J.D. Classification of CFTR mutation classes Lancet Respir Med. 2016 Aug; 4 (8): e37-8.

9. De Boek K., Amaral M.D. Progress in therapies for cystic fibrosis lancet Respir Med. 2016 Aug; 4 (8): 662-74.

10. Borowitz D., Durie P.R., Clarke L.L., et al. Gastrointestinal outcomes and confounders in cystic fibrosis. J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 2005 Sep; 41 (3): 273-285.

11. Ahmed N., Corey M., Forstner G. et al. Molecular consequences of cystic fibrosis transmembrane regulator (CFTR) gene mutations in the exocrine pancreas. Gut. 2003 Aug; 52 (8): 1159-1164.

12. Koch C., Cuppens H., Rainisio M., et al. European Epidemiologic Registry of Cystic Fibrosis (ERCF): comparison of major disease manifestations between patients with different classes of mutations. Pediatr Pulmonol. 2001 Jan; 31 (1): 1-12.

13. Koch C. Early Infection and Progression of Cystic Fibrosis Lung Disease. Pediatr Pulmonol. 2002 Sep; 34 (3): 232-236.

14. Smyth A.R., Bell S.C., Bojcin S. et al. European Cystic Fibrosis Society Standards of Care: Best Practice guidelines. J. Cyst. Fibros. 2014 May; 13 Suppl. 1: S23-42.

15. http://www.cftr2.org

16. Richards S., Aziz N., Bale S., et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med. 2015. May; 17 (5): 405-424.

17. Wallis Y., Payne S., McAnulty C., et al. Practice Guideline for the Evaluation of Pathogenicity and the Reporting of Sequence Variants in Clinical Molecular Genetics. Available at https://www.acgs.uk.com

18. Clinical Genomics. A Guide to Clinical Next Generation Sequencing. Edited by S. Kulkarni, J. Pfeifer. Elsevier Inc., Academic Press, London, UK, 2015, p. 470. ISBN: 978-0-12-404748-8.

19. Quintаns B., Ordо?ez-Ugalde A., Cacheiro P., et al. Carracedo, A., Sobrido, M.J. Medical genomics: The intricate path from genetic variant identification to clinical interpretation. Appl. Transl. Genom. 2014 Jun 16; 3 (3): 60-67.